Analizatory, genetyczny i genomowy - Śląska Bio

Śląska BIO-FARMA
Centrum Biotechnologii, Bioinżynierii i Bioinformatyki
LABORATORIUM ŚRODOWISKOWE - L 111
Śląska BIO-FARMA
Centrum Biotechnologii, Bioinżynierii i Bioinformatyki
LABORATORIUM ANALIZ GENETYCZNYCH
Kate
Wydział Lekarski
w Katowicach
(Kampus LIGOTA)
ul. Medyków 18, Bud. C-1
http://biolmolgen.slam.katowice.pl
Środki przeznaczone na zakup aparatury
Laboratorium:
Szacunkowa
wartość
urządzenia:
( brutto)
Oczekiwany
termin
uruchomienia
procedury:
Orientacyjny
okres oczekiwania
na realizację
zamówieniapo
podpisaniu
umowy dostawy
:
2196000,00 zł
Marzec 2009
6 tygodni
698450,00
Marzec 2009
6 tygodni
33274,22
Marzec 2009
6 tygodni
121980,00
Marzec 2009
6 tygodni
Komora z laminarnym nawiewem
powietrza - przygotowanie próbek na
dużą skalę, do badań molekularnych
36768,32
Marzec 2009
6 tygodni
Czytnik płytek – szeroka gama odczytów
próbek znakowanych fluorescencyjnie i
Innych (ELISA)
91500,00
Marzec 2009
6 tygodni
Zamrażarki –20 C i –80 C - po 2 sztuki
-przechowywanie materiałów
biologicznych
92827,00
Marzec 2009
4 tygodnie
3000,00
Marzec 2009
2 tygodnie
5000,00
Marzec 2009
4 tygodnie
Nazwa Laboratorium:
Nazwa Urządzenia :
(zgodnie z propozycją podaną we
wniosku)
Analizator genomowy FLX – masowe
resekwencjonowanie, sekwencjonowanie de novo,
profilowanie ekspresji, wykrywanie mutacji
Analizator DNA 16-kapilarowy –
sekwencjonowanie wielu próbek
równocześnie, genotypowanie itp..
Termocykler z gradientem temperatury –
optymalizacja warunków PCR
Termocykler do PCR w czasie rzeczywistym
-ilościowy pomiar produktu PCR w czasie,
-rzeczywistym, ocena długości odcinków,
kwasów nukleinowych
L 111
Laboratorium
Analiz
Genetycznych
Chłodziarko zamrażarka – 2 szt.
przechowywanie materiałów
biologicznych
Komputer do ewidencjonowania i
administrowania danymi sekwencyjnymi
3.700.000,00 PLN
Analizator genetyczny ABI PRISM 3130xl
• Aparat
do
rozdziału
elektroforetycznego
fragmentów
DNA
metodą
kapilarną
umożliwiający sekwencjonowanie i analizę
długości fragmentów DNA
• Aparat posiada 16 kapilar, dzięki czemu
jednocześnie analizuje 16 próbek. Można
zastosować 3 różne długości kapilar zależnie od
prowadzonych analiz.
• Dokładność odczytu przy sekwencjonowaniu
wynosi min. 98.5%, a dokładność odczytu przy
analizie fragmentów to 99.99%
• System detekcji składa się z kamery CCD,
jednego lasera argonowego oraz filtrów
wirtualnych
• System zapewnia równoczesną detekcję co
najmniej 5 różnych sygnałów fluorescencji w
jednej kapilarze przechodzącej przez okno
detekcji
• Oprogramowanie umożliwia:
• analizę sekwencji DNA,
• wykrywanie mutacji,
• oznaczanie heterozygotyczności
• Możliwe jest stosowanie wielu różnych zestawów
do sekwencjonowania (do matryc krótkich, do
matryc długich, matryc bogatych w pary GC,
matryc bogatych w pary AT)
• Możliwość zastosowania polimeru uniwersalnego
do sekwencjonowania i analizy fragmentów
ANALIZATOR GENOMOWY FLX
Sekwenator genomowy FLX zapewnia elastyczność w szerokim spektrum zastosowań, w
tym: sekwencjonowanie de novo, resekwencjonowanie całych genomów i docelowych
regionów DNA, metagenomikę, analizy RNA, sekwencjonowanie amplikonów itp.
• System detekcji jest oparty o działanie kamery CCD i analizie znaczników
fluorescencyjnych
• Pojedyncze odczyty sekwencji o długości co najmniej 200 nukleotydów z dokładnością
pojedynczego odczytu ,co najmniej 99.5% dla fragmentu 200 nukleotydów
• W jednym cyklu pracy dokonywanych jest ponad 400 tysięcy odczytów, co daje ponad
100 milionów zasad.
• Dokładność złożonej sekwencji to ponad 99.99%
• System zawiera serwer do analizy danych (offrig) wraz z pełnym pakietem
oprogramowania danych
KOSZTY ANALIZY to:
Przygotowanie DNA, RNA, amplikonów do ilości i jakości niezbędnej do rozpoczęcia
procedury – zależny od indywidualnych próbek
Przygotowanie 1 biblioteki: 800-1000 PLN
1 PCR emulsyjny: 500-3800 PLN
1 cykl pracy sekwenatora: 20500 PLN
dodatkowo (odczynniki i materiały zużywalne do jednego cyklu): na 1 próbkę – 3000,00
Razem: 28300,00
GeneAmp® PCR System 9700
Temocykler jest specyficznie zaprojektowany do amplifikacji
kwasów nukleinowych w probówkach reakcyjnych 0,2 ul i z
96-dołkową płytką reakcyjną.
Analizatory, genetyczny i genomowy:
POD OPIEKĄ DR ALEKSANDRY AUGUŚCIAK-DUMY
APARAT DO REAKCJI PCR W CZASIE RZECZYWISTYM LigthCycler
Parametry aparatu:
• Aparat na elementach Peltiera umożliwiający prowadzanie ilościowej reakcji PCR w czasie rzeczywistym z użyciem barwników
fluorescencyjnych
• Aparat wyposażony jest w dwa wymienne bloki grzejne: 96 i 384 dołkowe z możliwością samodzielnej wymiany przez użytkownika bez
konieczności kalibracji urządzenia.
• Istnieje możliwość archiwizacji amplifikowanego materiału w płytkach 96 i 384 dołkowych, w których dokonywana jest reakcja PCR.
• Zakres objętości mieszany reakcyjnej, w której można przeprowadzić reakcję PCR: 10 – 100µl (blok 96); 5 – 20µl (blok 384) .
• Prędkość nagrzewania bloku 4,4°C / sek. (blok 96); 4,8°C / sek. (blok 384)
• Prędkość chłodzenia bloku 2,2°C / sek. (blok 96); 2,5°C / sek. (blok 384)
• System detekcyjny – kamera CCD wysokiej czułości
• 5 kanałów wzbudzenia światła
• 6 kanałów detekcji fluorescencji
• Element wzbudzający – lampa ksenonowa z monitoringiem czasu pracy
• Żarówki ksenonowe (zapas) 2szt
• System otwarty, umożliwiający analizę kwasów nukleinowych przy pomocy różnych barwników i sond molekularnych pochodzących od
innych firm niż producent urządzenia
1. SYBR Green I
2. Barwnik interkalujący typu LC Green (lub podobny) do analizy HRM (High Resolution Melting)
3. Sonda hydrolizująca typu TaqMan
4. Sonda Hybrydyzująca typu HybProbe
5. Sonda typu Simple Probe
• Oprogramowanie urządzenia umożliwia wykonanie:
1. Pomiar ilości kopii DNA w badanej próbie
2. Pomiar poziomu ekspresji genu badanego w stosunku do genu referencyjnego
3. Analizy genotypowania – analiza genotypu na podstawie temperatury topnienia produktu
4. Analizy Gene Scanning / High Resolution Melting służąca do analizy mutacji (w tym SNP) przy pomocy specjalnego barwnika
interkalującego typu LC Green lub podobny
5. Analizy end-point mutation
6. Porównania płytek z wynikami dla wszystkich dostępnych aplikacji z uzyskaniem wyniku w oprogramowaniu typu MS Excel
• Możliwość wykonania analizy Gene Scanning / High Resolution Melting bez konieczności wprowadzania standardów o znanym genotypie;
poszczególne krzywe mogą być łączone w grupy automatycznie, na podstawie swojego podobieństwa.
• Możliwość obserwowania przeprowadzanej reakcji PCR na bieżąco podczas jej trwania (online)
• Oprogramowanie aparatu i baza danych z opcją automatycznego zapisywania informacji o wszystkich zmianach w plikach z otrzymanymi
wynikami dokonywanych przez użytkowników aparatu.
• Możliwość utworzenia pliku z podsumowaniem reakcji PCR (m.in. parametry reakcji PCR, wyniki, wykresy) w formacie .pdf
• Oprogramowanie umożliwiające projektowanie starterów i sond typu TaqMan
KOSZTY ANALIZY:
Około 50 PLN na próbkę przy użyciu metody SYBR Green
TERMOCYKLER DO PCR W CZASIE RZECZYWISTYM
Wielofunkcyjny czytnik mikropłytek pracujący w trybach: absorbancji
UV/Vis, fluorescencji (pomiar dół/góra), fluorescencji czasu zaniku
(TRF), fluorescencji w świetle spolaryzowanym i luminescencji typu
flash, glow.
Zakres pomiarowy urządzenia dla pomiarów absorbancji: 260/280nm i
340 – 1000 nm
Aparat wyposażony jest w filtry do fluorescencji o następujących
długościach fali:
wzbudzające: 355, 405, 450, 480, 485, 490, 530, 531, 560, 570 nm.
emisyjne: 460, 535, 590, 595, 615, 642 nm.
Aparat obsługuje płytki formatów: 1, 6, 12, 24, 48, 96, 384 i 1536
dołków, szalki Petriego, płytki Terasaki, szkiełka, membrany nylonowe
i nitrocelulozowe, żele;
Aparat posiada wbudowany mieszacz do płytek oraz wbudowany układ
termostatowania komory pomiarowej pozwalający na utrzymywanie
temperatury od +2oC powyżej temperatury otoczenia do +50oC
Aparat posiada możliwość pomiaru dwóch znakowań tzw. dual label
Dodatkowo zainstalowany jest software WorkOut 2.5 przystosowany
do obróbki wyników wygenerowanych przez urządzenie.
CZYTNIK PŁYTEK VICTOR X5
POD OPIEKĄ MGR ANNY SZYDŁO
Z1™ COULTER COUNTER®, Single Threshold
Analyzer
Automat do zliczania komórek lub
cząstek w zakresie 1-120 micronów.
Technika ta zapewnia dokładność,
szybkość, wszechstronność i wyjątkową
precyzję.
Pozwala na ustawienie jednego rozmiaru
progu. Komórki równe lub wieksze niż
ustawiona granica będą liczone. Jest w
pełni zautomatyzowany do szybkiego
liczenia komórek z hodowli komórkowych
i komórek krwi z większości gatunków.
Doskonały dla szybkiego liczenia komórek
w liniach komórkowych jednakowych
rozmiarów.
Z1 instrument zawiera unikalny, nowy typ
pompy która dostarcza wysokiej jakości
dokładność i precyzję i eliminuje potrzebę
użycia rtęci.
Charakterystyka aparatu:
Wolny od rtęci
Pomiar bezwzględnej liczby komórek lub ich
stęzenie
Kalibracja – 1 przycisk
Certyfikat ISO 9001 przez NSAI Quality
Assurance
Technologia zdefiniowana przez
międzynarodowe standarty (ISO
13319:2000: Determination of particle
size distributions -- Electrical sensing
zone method)
Termocykler z gradientem temperatury VERITY FIRMY APPLIED
BIOSYSTEMS
• blok grzejny 96 dołkowy
• gradient temperatury uwarunkowany co najmniej 6 niezależnymi blokami
Peltiera umożliwiające ustawienie 6 różnych wartości temperatury
przyłączania starterów w jednym eksperymencie
• max. prędkość zmiany temperatury bloku nie mniejsza niż: 3,9 0C/ sek.
• objętość reakcyjna: 10 - 80μl
• zakres osiąganej temperatury : 4oC – 99,9oC ustawialna z dokładnością
do 0,1oC, czas ustawialny z dokładnością do 1 sekundy
• pamięć instrumentu pozwala na zapisanie nie mniej niż 800 protokołów
• możliwość przeprowadzenia reakcji w pojedynczych probówkach o
objętości 0,2 ml oraz
w probówkach łączonych w paski oraz w płytkach.
• możliwość ustawienia różnicy temperatur między strefami co najmniej 4o
C jak i ustawienia jednorodnego profilu termicznego na całym bloku
• aparat wyświetla temperatury bloku temperaturę dla próbki, a
2100 Bioanalyzer - to paltforma
rozpoczyna zadaną procedurę dopiero gdyAgilent
próbka,
a nie blok osiągnie
oparta na mikroprzepływach dla
oznaczania ilościowego , a także długości
temperaturę zadaną
NanoDrop 3300
Fluorospektofotometr
pełnego spektrum na
mikroobjętości
i jakości DNA, RNA i białek. Wyniki
otrzymuje się w ciągu 30-40 minut w
wysokiej jakości cyfrowych danych.
System charakteryzuje się:
• Szybszy niż elektroforeza żelowa (10-12
próbek rels 30-40 minut)
• Łatwy w użyciu – załadować chip,
nacisnąć START.
• Gotowe do użycia odczynniki, kity.
• Powtarzalne wyniki, odporne na
zanieczyszczenia.
• Łatwe i szybkie porównywanie próbek.
KOSZT ANALIZY:
Dla białek: 120 PLN za jeden run (12
próbek)
Dla RNA: 120-160 PLN za jeden run (10
próbek)
Dla DNA: 120-200 PLN za jeden RUN (12
próbek)
Inny sprzęt pomocniczy
Śląska BIO-FARMA
Centrum Biotechnologii, Bioinżynierii i Bioinformatyki
DZIĘKUJEMY ZA UWAGĘ,
ZAPRASZAMY DO WSPÓŁPRACY